GESTÃO E OPERAÇÃO
A gestão do SIEP se dá por meio de uma Coordenação Geral instituída pela Portaria nº 76, publicada no Diário Oficial da União de 20 de novembro de 2006. A essa Coordenação Geral cabe o monitoramento, acompanhamento e avaliação das ações do Projeto, bem como da supervisão dos grupos de trabalho e dos núcleos de pesquisa e desenvolvimento.
Para cada módulo do SIEP, foi designado um Gerente, por sua vez responsável por articular os demais Núcleos de Pesquisa e Desenvolvimento a ele vinculados, de forma a garantir que as ações e produtos esperados fossem alcançados de maneira eficaz e eficiente.
Cada Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento foi estruturado com mobiliário e equipamentos, com o espaço físico destinado especificamente para tal. As ações são desenvolvidas por servidores públicos dos quadros das instituições participantes, na condição de pesquisadores gestores e orientadores, bem como por alunos regularmente matriculados em cursos dessas instituições, que fazem juz ao recebimento de bolsas de pesquisa e desenvolvimento.
A SETEC, em 2006, financiou o desenvolvimento do SIEP com recursos do Programa de Reforma e Expansão da Educação Profissional e Tecnológica - PROEP. Já em 2007, os recursos para continuidade das ações, assim como em 2008, decorrem do orçamento da própria SETEC.